Gampong Babah Dua berasal dari wilayah yang awalnya disebut Babah Krueng, yang terbentuk karena adanya pertemuan beberapa aliran sungai. Sekitar tahun 1927, masyarakat mulai bermukim di daerah ini karena kondisi tanah yang subur dan akses air yang mudah, dengan sungai sebagai jalur transportasi utama.
Seiring bertambahnya penduduk, wilayah ini berkembang menjadi permukiman dengan mata pencaharian utama di bidang pertanian. Pada tahun 1938 terjadi pemekaran wilayah, dan nama Babah Krueng resmi berubah menjadi Babah Dua, yang merujuk pada dua muara sungai di daerah tersebut. Secara singkat, sejarah Gampong Babah Dua terbentuk dari faktor geografis (sungai), perkembangan masyarakat, serta perubahan administratif wilayah.